? ? ? ? 近日，國家煙草基因研究中心（鄭州煙草研究院）宣布，與國家煙草基因工程研究中心、中國煙草總公司青州煙草研究所、博奧生物暨生物芯片北京國家工程研究中心聯合攻關，設計出一款煙草全基因組分子模塊育種55K SNP芯片。博奧晶典作為博奧生物旗下的產業化平臺企業，參與了煙草55K?SNP芯片優勢位點篩選、位點評估打分及位點探針設計等工作，后續還將承擔利用該芯片對大量煙草樣本進行檢測、數據分析等工作。該款煙草基因芯片將在后續煙草基因研究應用、品種定向遺傳改良和全基因組分子模塊育種研究工作中發揮重要作用。
SNP芯片技術背景
? ? ? ??盡管目前基于測序技術開發分子標記的技術已經十分成熟，但是對大量的群體進行高通量數據分析和標記挖掘仍然十分耗時、昂貴并具有挑戰性。SNP芯片作為當前最為流行的一款分型工具，具有快速、精準、價廉等優勢，可以應用于大批量品種資源的快速分型，極大提高分型的準確度、縮短分型時間，已被廣泛應用于植物全基因組分型、QTL定位、全基因組關聯分析和基因組選擇等研究中。
煙草55K SNP芯片
? ? ? ??煙草55K高通量SNP分型檢測芯片位點設計主要以煙草430K高通量SNP芯片的位點為基礎，并加入部分重測序及其他來源的新位點，經過精心篩選后，最終保留62,822個SNP位點（圖1）。
圖1 博奧晶典與國家煙草基因研究中心聯合攻關定制煙草55K SNP芯片流程
煙草55K SNP芯片特點：
①?位點篩選嚴謹：該芯片優選群體親本間共有位點、有效標記數量多且分布均勻；
②?注釋信息完整：SNP位點基因組信息（位置、序列信息等）詳細完整；
③?超高的性價比：該芯片可廣泛應用于煙草基因組各項研究，并且成本低、性價比高；
④?自主知識產權：該芯片具有完全自主知識產權。
煙草55K SNP芯片應用方向：? ? ? ??煙草55K SNP芯片在煙草基因研究應用、品種定向遺傳改良和全基因組分子模塊育種研究工作中能夠發揮重要作用，能夠開展基因組模塊育種材料導入染色體區段定位、分子模塊鑒定、遺傳背景分析等，快速鎖定與重要表型性狀（如品質、抗性等）相關的基因/標記，篩選獲得優良性狀煙草新品系，從而大幅提升煙草正向遺傳學研究的效率，其高通量、高準確率及高效率的特點已得到行業應用單位的普遍認可。
博奧晶典SNP芯片定制推薦流程
? ? ? ??博奧晶典具有強大的科技創新和檢測服務能力，并具有認證芯片實驗體系，19年累計芯片經驗，能夠提供穩定可靠的結果。博奧晶典已形成完善的高通量芯片定制流程，首先，得到該物種的參考基因組，通過基因組重測序、篩選已有SNP數據庫等方式獲得大量的候選定制位點。然后，通過一系列的生物信息分析對位點及探針設計進行評估，篩選后定制出200-660K高密度SNP定制芯片。該階段密度的芯片更適合用于該物種全基因組GWAS、高密度遺傳圖譜繪制等科學研究。最后，如果需要更加經濟高效的推進精準化育種、模塊化育種的進程，快速鎖定與重要表型性狀（如品質、抗性等）相關的基因/標記，就需要進一步對位點進行篩選，找出更重要的少數位點定制中低密度SNP芯片（圖2）。
圖2 農業SNP芯片定制推薦流程
博奧晶典科研服務簡介
? ? ? ??北京博奧晶典生物技術有限公司是博奧生物集團有限公司暨生物芯片北京國家工程研究中心的產業化平臺，是清華大學布局生命健康領域的核心企業。博奧晶典建立了國際領先的基因組、表觀基因組、轉錄組、蛋白質組、代謝組、微生物組、單細胞等微觀多組學多層次服務技術平臺和研發平臺、生命科學與智能裝備研發平臺、中醫藥工程化科學化研發平臺、全人全程健康管理大數據支撐平臺，檢測實驗室獲得多項CNAS認證（中國合格評定國家認可委員會）、CMA認證（中國計量認證）、ASHI認證(美國組織相容性及免疫遺傳學學會)。質量管理體系通過德國萊茵公司ISO9001認證，支持國內外科研機構及企事業單位發表SCI論文1500余篇，雜志總影響因子超過6700分，其中Cell、Nature、Science、JAMA等高水平同行評議論文30余篇。自主研發和合作研發的技術成果兩次榮獲國家技術發明獎二等獎，近三年累計取得直接社會經濟效益收入30多億元，在產學研轉化方面取得突出成果。
